美國食品和藥物管理局(FDA)批准的抗癌藥物針對的蛋白質不到200種。2024年6月24日，復旦大學高強、美國貝勒醫學院章冰共同通訊在Cell在線發表題爲“Pan-cancer proteogenomics expands the landscape of therapeutic targets”的研究論文，該研究將臨牀蛋白質組學腫瘤分析聯盟(CPTAC)的10種癌症類型的1043名患者的蛋白質基因組學數據與其他公共數據集相結合，以確定潛在的治療靶點。對2,863種可藥物蛋白的胰腺癌分析揭示了廣泛的丰度範圍，並確定了影響mRNA-蛋白相關性的生物學因素。整合來自腫瘤的蛋白質組學數據和來自細胞系的遺傳篩選數據，確定蛋白質過度表達或過度激活驅動的藥物依賴性，從而能夠準確預測有效的藥物靶點。合成致死率的蛋白質基因組鑑定爲靶向腫瘤抑制基因丟失提供了一種策略。結合蛋白質基因組學分析和MHC結合預測優先考慮突變KRAS肽作爲有前途的公共新抗原。計算鑑定共享腫瘤相關抗原，然後實驗確認提名肽作爲免疫治療靶點。這些研究形成了伴隨診斷、藥物再利用和治療發展的蛋白質和肽靶點的綜合景觀。下一代測序已經徹底改變了癌症研究，導致癌症基因組和轉錄組的深入表徵，這極大地提高了人們對癌症生物學的理解儘管取得了這些進展，但大多數癌症患者仍然接受放療和化療，這與顯著的復發風險和毒性有關。包括小分子藥物、單克隆抗體、抗體-藥物偶聯物(ADCs)、蛋白水解靶向嵌合分子(PROTACs)、抗體導向酶前藥物治療(ADEPTs)、癌症治療疫苗、檢查點抑制劑和T細胞治療在內的靶向治療有望實現更有效和精確的癌症治療。因爲蛋白質是這些治療的主要目標，也是癌症驅動基因和表觀遺傳畸變的功能效應物，蛋白質基因組學-即，基於無偏質譜(MS)的蛋白質組學與基因組學、表觀基因組學和轉錄組學的整合爲探索現有和未來的癌症治療靶點提供了一個強大的框架。臨牀蛋白質組學腫瘤分析聯盟(CPTAC)已經對1000多個前瞻性收集的、未經治療的原發性腫瘤進行了蛋白質基因組學表徵，這些腫瘤跨越10種癌症類型，許多腫瘤具有匹配的正常鄰近組織。CPTAC泛癌症資源工作組協調了來自10種癌症類型的所有組學數據，用於泛癌症蛋白質基因組學研究。在這項研究中，研究人員將該數據集與其他公共數據集相結合，以闡明癌症治療的蛋白質靶點。該分析提供了對現有癌症藥物靶點的見解，並系統地確定了藥物再利用或開發的候選新靶點。這些包括過度表達和過度激活的蛋白質依賴性，與腫瘤抑制基因(TSGs)缺失相關的蛋白質依賴性，以及推定的新抗原和腫瘤相關抗原。該研究爲癌症治療創建了一個蛋白和肽段靶點的全景圖，爲未來的伴隨診斷、藥物再利用和新療法的開發鋪平了道路。這一開創性的研究結果展示了蛋白質組學在癌症治療靶點識別中的巨大潛力，併爲個性化醫療帶來了新的希望。https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(24)00583-X
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