代謝物差異結果有誰在？柱狀圖、 (O)PLS-DA得分圖、檢驗圖……
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2024-06-30 12:54
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SCIPainter
做代謝物差異分析時，總疑心結果文件是不是缺少了什麼？通常(O)PLS-DA分析輸出的圖包含差異代謝統計柱狀圖、(O)PLS-DA得分圖、模型檢驗圖等，對後續分析生物學意義、做更深入的研究有重要影響。在使用Omicshare的(O)PLS-DA工具時常有同學問xx圖怎麼沒有？xx圖在哪個文件夾？xx的數據表沒找到？其實結果文件夾中有不少驚喜，想要的圖和數據基本都在！！一起回顧從數據整理到結果文件夾的“揭祕”~共有3個上傳文件，參照示例文件，代謝物定量表第一行爲樣本名，第一列爲代謝物ID，輸入代謝物定量數據，保存爲txt/csv/xls/xlsx格式均可；分組文件第一列爲代謝物定量表的列名（樣本名），第二列爲自定義的分組名；即使沒有重複、一個樣本爲一組，也必須上傳分組文件；比較組文件一行爲一個比較組，第一列爲對照組，第二列爲處理組，運行時以第二列比上第一列；共4個可選參數：差異檢驗方法、Pvalue閾值、VIP閾值、差異倍數值：差異檢驗方法：可選PLS-DA偏最小二乘判別分析或OPLS-DA正交偏最小二乘判別分析，其中OPLS-DA解釋能力更強，可更準確地篩選出組間差異；Pvalue：常用篩選閾值爲0.05、0.01、0.001；VIP閾值：模型變量的變量權重值，常用篩選閾值爲VIP≥1；差異倍數：即篩選代謝物定量值的差異倍數，默認1即不考慮差異倍數；Tips：工具使用默認配色方案紅藍色，也可將矢量結果圖導入AI中修改配色任務完成後在項目總覽處下載解壓結果文件。初級結果包含拓展名爲.OS的原始上傳數據、diff_stat.pdf/png的差異代謝物統計柱狀圖、diff_stat.xls的差異代謝物統計表、A-vs-B.tmp.Ttest.xls的單變量統計分析結果表；打開“A-vs-B”的文件夾，大部分用得多的結果圖及數據表都在這個文件夾中：A-vs-B.filter.xls：顯著差異代謝物表；A-vs-B.heatmap.pdf/png：顯著差異代謝熱圖；A-vs-B.loading_plot.pdf/png：載荷圖；A-vs-B.oplsda.pdf/png：OPLS-DA得分圖；A-vs-B.pca.pdf/png：PCA得分圖；A-vs-B.plsda.pdf/png：PLS-DA得分圖；A-vs-B.permutation.pdf/png：OPLS-DA檢驗圖；A-vs-B.xx.nosampleid.pdf/png：無名稱顯示的結果圖；Tips：本示例選擇差異檢驗方法爲OPLS-DA檢驗，輸出結果包括PCA結果（圖+表）、PLS-DA結果（圖+表）與OPLS-DA結果（圖+表），若選擇PLS-DA檢驗則結果文件不含OPLS-DA結果；更多詳細的使用說明、分析示例，可以在工具右側說明文檔中查看：OmicShare是基迪奧生物旗下，以交互式生信工具、原創組學書籍、生信論壇以及視頻教程於一體的生信平臺，現140000+科研人註冊使用，超4500+篇SCI引用。即刻註冊，輕鬆開啓NCS繪圖之旅！*海量工具使用無門檻：161+工具覆蓋99%生命科學期刊發表所需，無需任何編程基礎，提交數據即可完成繪圖；*發表級美圖直出：頂刊審美，參數/配色可實時交互；*支持免費使用：每個工具均可免費使用2次；還可通過【邀請好友】或【論壇任務】獲取奧幣，解鎖更多免費次數。詳情戳：《OS新手使用說明》*完整權益體驗：升級【會員/超級會員】，實現繪圖自由，還能尊享更多權益：https://www.omicshare.com/user/register.php?lang=zhOS工具：https://www.omicshare.com/tools/OS會員：https://www.omicshare.com/vip/
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